佐治城は、甲賀町小佐治集落の北に位置する丘陵上の、野洲川を見下ろすように立地している中世城館です。『甲賀郡志』によると、城主は佐治（小佐治）氏とされ、天正十三（1585）年に豊臣秀吉の領地没収に対して、籠城して抵抗したが、堀秀政・中村一氏に攻められ落城したと言われています。
城の形態は、約100ｍ四方に及ぶ大規模な二つ曲輪が並立し、両曲輪の間は堀切によって区切られた構造であったとされています。城の北側には、堀跡と考えられる池があり、枡形池と呼ばれています。また、谷を挟んだ西側には独立性のある曲輪が二か所確認できます。
戦国時代の甲賀は、同じくらいの力を持つ土豪たちがそれぞれ城を構え、その城は同じ大きさ同じ形をしていました。これは「単郭方形四方土塁」と呼ばれています。しかし、佐治城は規模が大きく、曲輪群の独立性が高いといった、他の甲賀の城とは異なった特徴があり、複数の土豪が連携して築いたと想定されます。佐治城は、戦国時代の甲賀の社会体制を考える上で貴重な城跡です。