水口岡山城は、天正十三(1585)年、水口平野の独立丘陵「古城山」に豊臣秀吉の命を受けた中村一氏によって築城されました。
戦国時代の甲賀は、拮抗した力を持つ甲賀衆と呼ばれる土豪たちが、甲賀郡中惣という自治的な組織を作って治めていました。しかし、水口岡山城の築城によって、甲賀衆による自治から、統一政権による支配へ体制が変わり、甲賀の歴史にとって大きな転換期となりました。
水口岡山城には、本丸に二つの櫓台がありました。そのうちの西櫓台での発掘調査では、甲賀衆の合議の場でもあった矢川神社の神宮寺「矢川寺」の瓦が城に転用されたことがわかりました。また、本丸が総石垣だったと推定されています。
甲賀衆が築いた戦国時代の城は土づくりの城でしたが、水口岡山城は石垣を築き、周辺寺院から集めた資材によって建てられた瓦葺建物を備えた、これまでの甲賀にはなかった新しい形態の城です。
水口岡山城の登場は、当時の甲賀の人々に大きな衝撃を与え、統一政権による支配という新たな時代の到来を視覚的に示したと考えられます。