矢川神社は「延喜式神名帳」に甲賀郡八座のひとつとして記された式内社です。大己貴命と矢川枝姫命を祭神とし、中世には杣庄内二十二ヶ村の総社として「杣一之宮矢川大明神」と称されました。また甲賀の雨宮とも呼ばれ、雨乞い祈願の神社として知られていました。滋賀県の指定文化財である茅葺の楼門は文明十四年（1482）に建てられたもので、雨が降ったお礼に大和国山辺郡（奈良県）五十ヶ村から寄進されたと伝わります。
本殿は甲賀地方でも特筆すべき大型の社殿で、近江八幡の大工、高木但馬により宝暦五年（1755）に造営されたものであり、三間社前室付流造の建造物として市の指定文化財となっています。
さらに境内地は近隣の五つの城跡とともに国指定史跡「甲賀郡中惣遺跡群」のひとつに指定されています。元亀二年（1571）の山中文書によれば、矢川社と対岸の新宮社（甲南町新治）が飯道寺（信楽町宮町）と争論に及んだ際、甲賀郡中惣から選出された奉行衆により、「矢河下馬」前で裁定が行われました。甲賀の侍衆たちがこうした鎮守社を合議の場とし、神前で結束を固め、地域を治めるための拠り所としたと考えられます。中世文書に描かれたそのままの世界を今もみることができます。