柏木神社は、江戸時代までは若宮八幡宮と呼ばれ、長寛三年（1165）に伊勢神宮領として設置された庄園柏木御厨の惣社として、また柏木地域を支配した山中・美濃部・伴氏（柏木三方中）ら有力な土豪の精神的な紐帯として、古くから人びとの崇敬を集めてきました。
中世の甲賀では、甲賀武士たちが連合し同名中や甲賀郡中惣を組織して自治を行うなど、独自の活動を行っていたことが知られています。柏木神社はそうした土豪達の結束の場、活動の場ともなっていたと考えられます。同社に残る山中同名中が大永二年（1522）に作成した神事の際の取り決めに関する起請文（誓約書）は、そうした活動の一端を示す古文書といえます（「柏木神社文書」）。
祭神は大巳貴尊と誉田別命の二柱で、社伝によれば白鳳期に創建された山王社、後に鎌倉の由比ヶ浜八幡宮を勧請した八幡宮の二社で構成されていたとされます。境内には本殿・拝殿・回廊・楼門が建ち並んでいますが、このうち楼門は日野町中山の金剛定寺の旧門と伝え、もともとの楼門は天正八年（1580）に安土城内の摠見寺に移築され二王門（国の重要文化財）として現存しています。