닌자의 실상은 '이가슈', '코가슈'라고 불리는 '지사무라이'들이었다.
전국시대, 이 지역에서는 큰 힘을 가진 다이묘가 나타나지 않아 스스로의 힘으로 자신의 땅을 다스려야 한다는 필요성에 의해 자치가 발달했고, 서로 협력하여 지역을 지켰다.
지사무라이들은 한 나라, 한 군 단위로 연합하여 이러한 자치 조직을 '이가소쿠쿠쿠이가소쿠이키키' 그리고 '고가군 나카소코우카군츄소'라고 부르며 서로 동맹을 맺고 사이좋게 지냈다.
일족의 결속력이 강해 '일심동심'으로 뭉쳐 '제반 사항을 담합'하고 때로는 다수결로 결정하기도 했으며, '모두 모여서 의논하여 결정한다'는 것이 닌자 마을의 '규율'이었다. 봉건제가 강화되고 하극상의 폭풍이 휘몰아치던 전국시대에 한 영주의 힘의 지배가 아닌 모두가 힘을 합쳐 지역의 평화를 지켜온 모습은 TV나 애니메이션에서 그려지는 무자비한 세계와는 전혀 다른 모습이다.
그것은 성관의 분포에서 나타난다.
이곳에는 눈에 띄는 권력이 없기 때문에 특별히 큰 성은 없었고, 또 같은 종류의 지방 사무라이들이 모여 있었기 때문에 같은 모양, 같은 크기의 성관들이 좁은 지역에 밀집된 세계가 출현했다.
그러나 천하통일을 목표로 한 오다 노부나가, 도요토미 히데요시 등 막강한 권력의 등장과 함께 이러한 지사무라이의 자치 조직도 종말을 맞이한다.
한편, 전국시대 내내 닌자의 기술은 유용하게 사용되어 각지의 다이묘를 섬기며 활약했다.
그 중에서도 덴쇼 10년(1582년) 혼노지의 변 이후 사카이에 있던 도쿠가와 이에야스가 본국 미카와로 돌아가는 최단 경로로 이 지역을 통과할 때, 이가자, 고가자가 이에야스를 호위했으며, 그 활약은 오늘날까지 '신군 이가 고개'로 전해지고 있다.